À Rome
Le Pape rend publique la bulle d'excommunication de Napoléon.
Défaite et mort de Schill devant Stralsund.
Le 10 juin 1809, le pape Pie VII, réclamant contre l'envahissement de ses états pontificaux par l'armée de Napoléon, publie une bulle, Quam mamoranda, qui excommunie l'Empereur.
Dans un premier temps, Bonaparte réagit en écrivant au conseil ecclésiastique :
"La bulle d'excommunication du 10 juin 1809 était contraire à la charité chrétienne, ainsi qu'à l'indépendance et à l'honneur du trône, quel parti prendre pour que,dans les temps de trouble et de calamotés, les papes ne se portent point à de tels excès de pouvoir ?"
Puis, de Schônbrunn, il charge Murat, qui ocupe Rome, d'enlever purement et simplement le souverain pontife.
Logé près du Quirinal, au palais Rospigliosi, Murat répand des espions dans la demeure du pape.
Le 5 juillet, il place des hommes près du clocher d'où il est prévu que partirait le signal de l'enlèvement.
Cependant, le général Etienne Radet, à la tête de 400 gendarmes à cheval, poste ses gardes etl ses détachements d'opération dans la ville.
Le 6, à trois heures du matin, au moment même où la Grande Armée s'apprête à livrer la bataille de Wagram, Murat fait sonner un coup de tocsin, et Radet prend le Quininal d'assaut :
"On pénétra dans l'intérieur du palais par les fenêtres, et on arriva à l'appartement du pape, qui, averti de cet assaut, s'était revêtu en toute hâte de son costume pontifical. Le cardinal Pacca se trouvait auprès de lui, avec quelques personnages écclésistiques et civils de sa maison. Le pontife était indigné. Ses yeux, ordinairement vifs mais doux, lançaient des flammes. Pie VII et le cardinal Pacca sont jetés dans la voiture de Radet, qui conduit les deux prisonniers à Gênes. Là, le prince Borghèse, gouverneur général, à l'idée d'avoir à garder un tel prisonnier en la personne du pape, s'en décharge et dirige Radet vers Grenoble, où le Saint Père est logé à l'archevêché, mais bel et bien tenu prisonnier. Napoléon ordonne que l'on envoie de Paris un de ses chambellans, Salmatoris, avec un grand nombre de valets et un mobilier considérable destiné au captof. Pie VII, après avoir été enmené à Florence puis à Alexandrie, se trouve à présent à Savone, enfermé dans une citadelle, "mouvement que Napoléon blâma, craignant que ces déplacements répétés ne parussent une suite de vaxations indécentes à l'égard s'un vieillard auguste."
Pendant deux ans, l'empereur tente d'obtenir de Pie VII le retrait de sa bulle d'excommunication et surtout sa signature du décret par lequel Rome est annexée à l'Empire.
Devant son refus, il interdit de communiquer avec les évêques de l'Empire et le meace d'une déposition.
En 1812, avant de partir pour la campagne de Moscou, il le fait transférer à Fontainebleau.